云门寺位于泉港区涂岭镇秀溪村，旧属泉州府惠安县十一都添奇铺小溪乡，东望天马山，北倚莆、仙、惠诸山，南临小溪，西靠云门山。

　　云门寺的兴建，史志可稽自南宋始。其时北方沦陷，宋廷南迁，政治中心南移，泉州府成为南外宗中心，一时高官达贵云集，南北客商穿梭，泉州因之繁荣。涂岭驿道为南北必经通途，云门寺所在地小溪为泉莆交界处、馆舍驿站所在，车马更是络绎不绝。绍兴五年（1135年），惠安进士、里人江常捐金募地兴建禅寺，时称“小溪云门庵”，又称“泉州云门庵”，并延请高僧宗杲禅师住持。

　　宗杲禅师法号大慧，系宋孝宗御赐。大师时年47岁，自长乐南下住持该寺。 据《大慧普觉禅师年谱》载，“泉南给事江公少明创新庵于小溪之上，延师以居……遂领长乐五十三衲子，卷裓此来。四月初一入庵，见今内外度夏者二百人，皆丛林老成。”据《五灯严统》所载，追随宗杲禅师于云门寺常住的还有晦庵弥光、开善道谦、荐福悟本等知名禅师。高僧住持，缙绅名流纷沓而至，据《年谱》载：“从游士夫，一时名士，如李参政汉老、江给事少明、蔡子应郎中、储彦伦、李端友、蔡春卿正卿。诸公咨问扣击，拳拳不倦……”传为佳话。

　　南宋末年，元兵南侵，南宋遗臣陆秀夫拥幼主赵昺从福州南撤，义僧据寺抵抗元兵，惨遭破坏。明代，府县废寺收田，古刹再次废弃。清初，拟迁云门寺为清军驻防之地而未果。清康熙二十年（1687）春，住持如心率徒真程，披荆斩棘，复建寺宇。之后住持明迳率领徒弟真昂、真晓及徒孙通济等续建各殿堂。康熙五十五年（1716），文渊阁大学士、安溪湖头李光地归家葬母时，亲至礼佛，手书“云门禅寺”匾额，并捐资购田地养院。后寺田遭豪绅侵占，乾隆四十九年（1784），通济法师移殿旧处重建。至乾隆六十年（1795）后，岁荒而寺业渐废。嘉庆七年（1802）冬，住持开纷法师倡导，众乡绅捐田、捐款，重建宝刹。次年，惠安举人、浙江绍兴府清军同知陈焕世撰写“云门寺碑记”，勒石铭记。

　　民国年间至解放初期，义凯法师住持云门寺，募资于大殿左侧修建两层僧舍，题有“文堰流风” 匾。1953年，寺被晋江地区行署授为重点宗教活动场所。“文革”期间，寺院被作为学校及加工场、大队部等，之后荒废不堪。2002年，区民宗局将其登记为宗教活动场所，暂由村老管理。2010年至今，振仁法师住持该寺，重新规划，募资重建。