1981年，曾在涂岭镇松园村山坡上和芦朴（原称路打）村坡地上发现石锛和狩猎用的石箭簇，以及陶片等。1987年在芦朴村后埔自然村蚁山（又名艾山、行山）发现了轰动一时的新石器文化遗址（生活年代约在商周时期），找到陶器、石锛等一批文物。说明泉港地区在文献记载以前，已经有了先民居住，他们应属于闽越族的一支。

    夏商两代，今泉港区域划属扬州。

    西周至东周初期，泉港属七闽地。春秋末期至战国初期，泉港属越国地。周赧王九年（公元前306年）前后，越亡，泉港属楚国地。

    公元前221年，秦王嬴政扫平六国，统一全国，分天下为三十六郡，泉港属闽中郡辖地，为闽越族无诸所领。

    汉初，泉港属闽越王国，汉武帝元鼎五年（公元前112年），废闽越王国后泉港改隶会稽郡冶县。东汉献帝建安元年（196年）属侯官都尉辖地。

    三国时，吴国景帝永安三年（260年）后泉港属建安郡东安县地。

    西晋武帝太康三年（282年）后属晋安郡。东晋穆帝永和十二年（356年），晋安郡王林禄薨后葬九龙岗，即今涂岭镇龙头岭闽林始祖陵。此为研究“晋人衣冠南渡”的历史提供了有力的实物佐证。

    南北朝时，南朝宋泰始四年（468年）改晋安郡为晋平郡，泉港属晋平郡。梁武帝天监（502—519年）中，析晋平郡地置南安郡，泉港属南安郡南安县。

    隋朝时属泉州（州治在福州）南安县地。

    唐玄宗开元六年（718年），准刺史冯仁智之奏请，析南安县东南十五个里置晋江县，“以其地临晋江，故取为名。”泉港为晋江县属地。为加强管理，晋江县在县东北增设一个官署（在今前黄镇古县村），以治理今惠安、泉港等地。

    五代十国时，泉港属闽国辖地。南唐保大三年（945年），即闽国王延政天德三年，闽国为南唐所灭，泉港属清源军晋江县。

    北宋太祖乾德二年（964年），清源军改为平海军，泉港属焉。

    北宋太宗太平兴国六年（981年），李椅为泉守时，析福建路晋江县东乡十六个里置县，取“以惠安民”之义称为惠安县。县署由古县迁至今螺城镇。即俗称“太平兴国间，古县迁惠安”。全县设3个乡，今泉港区域内设一乡五里，即城山乡，领崇德、德音、光德、待贤、民苏等5个里。自此，泉港一直归属泉州府惠安县管辖，到1996年肖厝经济开发区管委会成立止，历时1015年。

    元、明、清时今泉港区域内设忠恕乡，辖德音、光德、待贤、民苏等4里，下设六、七、八、九、十、十一、十二、十三等8都。

    中华民国初泉港属厦门道惠安县。1935年8月，行保甲制，惠安县分8个区，泉港区域设坝头、涂岭两区。1943年裁撤区公所，泉港区域设山腰、坝头、涂岭3个乡。1949年8月18日，山腰盐警起义，泉港地区解放。23日，惠安县城解放。9月5日，惠安县人民政府成立，泉港属焉。

    泉港地区原称“肖厝”。肖厝原是惠安县北部南埔镇辖下的一个渔村，因村口之湄洲湾天然良港“肖厝港”而著名。

    在国际航运图标上，肖厝是闽东南的一个重要标点。1996年4月21日，为加快原惠安县北部地区作为福建省的重要石化基地的开发，福建省人民政府决定在原肖厝镇的基础上设立泉州市肖厝经济开发管理委员会，为泉州市人民政府派出的正县级行政机构，统一管理协调区域内的经济建设和社会发展事务。

    因“肖厝”这个地名古俗且小气，又因方言“肖厝”音同“烧厝”，既容易误会，也不好听，所以“肖厝”若再作为区名显然是不适宜的。为加快石化基地的开发建设，1999年，肖厝党工委、管委会申报设立“湄港区”。又因为“湄港”极易使人误认为是湄洲湾，会与莆田管辖区域混淆，遂作罢另拟新名。考虑到肖厝港是泉州市不可多得的天然良港，称为“泉港”更为妥切，因此以“泉港”定名。后来市里就以“泉港”作为新区区名上报审批。

    因肖厝港地处湄洲湾南岸港区，是终年不淤不冻的良港，可建造一至三十万吨码头的深水岸线达5.5公里，是泉州市乃至福建省开发潜力最大的港口和经济新增长点，因此，2000年4月12日，国务院批准同意设立泉港区，成为泉州市直辖的新区。同年12月28日，泉港区正式挂牌成立。